Nihilanth - это последний монстр, которого вам придется уничтожить, для начала взорвите все три оранжевых кристалла, чтобы отсечь Nihilanth от источника энергии. После этого запрыгните с помощью трамплина на уступ с пиком по центру, небольшими запасами амуниции и целебным источником. Встаньте так, чтобы пик был между вами и Nihilanth, тогда до вас не будут долетать ни его электрические заряды, ни движущиеся порталы, последние можно закрывать, стреляя в них из Hornet Gun. Как только вы обосновались в относительной безопасности на уступе, открывайте по монстру огонь, стреляйте до тех пор, пока у него не откроются лепестки на голове, после этого можно уничтожить его мозг. Для этого либо стреляйте в прогалы между лепестками из Python, либо направьте ракету над головой Nihilanth, а потом вовремя сместите прицел так, чтобы ракета попала в голову. НО! Если вы хотите ощутить торжество человеческой расы в полной мере: можно запрыгнуть с помощью трамплина, находящегося на уступе, непосредственно на голову монстра и разбираться с ним уже на месте. Как только мозг уничтожен, вы победили. Если вы попали в один из порталов, то вы окажетесь в одной из следующих комнат: Если вас накрыло порталом в первый раз, вы окажетесь внизу высокой комнаты со спиральными карнизами, доберитесь до верху, перестреляв Flyer, и соберите по пути амуницию, после этого выпрыгивайте в портал. Если вас накрыло порталом во второй раз, вы окажетесь в комнате набитой Flyer, перебейте их, возьмите амуницию из голубого углубления и по летающим платформам доберитесь до портала. Если вас накрыло порталом в третий раз, вы упадете с большой высоты в бассейн (если вы решите упасть на платформу - вы разобьетесь), в котором обитает Ichthyosaur, а на платформе живут несколько Alien Grunt, после победы доберитесь до портала с помощью трамплина. Если вас накрыло порталом в более чем в третий раз, то вы окажетесь в той же комнате, что и в третий раз, но противостоять вам будет Gargantua.

Конец игры (EndGame)

Как только кончатся конвульсии Nihilanth, вы окажетесь в том же самом трамвайчике, в котором и были в начале игры, только едет он неизвестно где. Вдобавок у вас отнимут все оружие. Правительственный чиновник, за которым вы могли наблюдать в течение всей игры, предложит вам работать на правительство и в знак согласия войти в открытый им портал, либо молчаливо отказаться и не двигаться с места. В каждом конкретном случае вы увидите разные заключительные видеоролики.